В помещениях подклета разместят археологические находки, обнаруженные на территории подворья.

Комплексная реставрация одного из древнейших памятников церковной архитектуры Москвы — храма Воскресения Словущего с Никольским приделом — проходит на Крутицком патриаршем подворье. Работы проводились на первом этаже и в подвальном помещении памятника (подклете). Проект реставрации был согласован в 2019 году.

Реставраторы усилили фундаменты здания, сделали гидроизоляцию стен и столбов, укрепили белокаменную и кирпичную кладку первого этажа и подвального помещения. Для восстановления четырех памятных белокаменных досок на стенах усыпальницы были использованы архивные фотографии.

В ходе реставрации специалисты восстановили в подклете цилиндрический свод из кирпича, а также создали из натурального камня полы и ступени по историческим образцам. В помещениях северной галереи храма привели в порядок смотровой мостик с ограждением и деревянный балкон по периметру усыпальницы архиереев. Внутри помещений были смонтированы системы отопления, водоснабжения, пожарной сигнализации и видеонаблюдения.

Руководитель Департамента культурного наследия города Москвы Алексей Емельянов отметил: «После полного завершения работ в подклете храма планируется разместить археологические находки: надгробные плиты, детали убранства помещений и декора зданий, изразцы и другую керамику, найденную ранее на территории подворья во время исследований».

История храма Воскресения Словущего началась в конце XIII века, когда московский князь Даниил построил здесь деревянную церковь для епископов, прибывавших из столицы Золотой Орды — Сарая. Основная часть каменного храма была возведена в 1498 году, что делает его одним из самых древних сохранившихся зданий подворья. В белокаменном подклете были похоронены епископы Евфимий и Трифон. В 1516 году епископ Досифей заложил на старом подвале новый каменный Успенский собор с Никольским приделом и архиерейской усыпальницей.

В 1672 году митрополит Павел II провел масштабную перестройку храма. Старый Успенский собор был переделан в Крестовую палату для обряда наречения священников, а в приделе была построена Никольская церковь. В середине XVIII века епископ Илларион надстроил Никольский придел, а в 1765 году епископ Амвросий провел еще одну кардинальную перестройку. На месте Крестовой палаты появилась новая церковь в честь Воскресения Христова. Фасады украсили барочной лепниной и высокими арочными окнами, а над кровлей соорудили главу с крестом.

В течение последующих веков назначение здания неоднократно менялось: после упразднения епархии в нем разместились склады и архив. После пожара 1812 года император Александр I личным вмешательством спас храм от полного сноса. В советское время бывшая церковь превратилась в коммунальный жилой дом для военных. Только в 1970-е годы почти все памятники Крутицкого подворья были освобождены от непрофильного использования и переданы для изучения и реставрации.