Официальная история Московского зоопарка начинается с 1864 года. Он был торжественно открыт 31 января (12 февраля по новому стилю) на Пресненских прудах.

Первые письменные упоминания об этом месте относятся к XIV веку. В то время оно принадлежало серпуховскому князю Владимиру Андреевичу Храброму, герою Куликовской битвы, двоюродному брату Дмитрия Донского и внуку Ивана Калиты.

В конце XVIII века на месте нынешнего зоопарка находился царский зверинец. В 1806 году начальник Кремлевской экспедиции П.С. Валуев купил Пресненские пруды и земли вокруг прудов и устроил здесь знаменитое «Пресненское гулянье». Именно Пресненские пруды и выбрало Императорское русское общество акклиматизации животных и растений для создания первого в России «общедоступного зоологического сада».

Основателями зоосада можно по праву считать московских биологов — профессоров Московского университета К.Ф. Рулье и его учеников и соратников — А.П. Богданова и С.А. Усова. Огромную роль в создании зоологического сада сыграли не только специалисты в области биологии и сельского хозяйства, но и натуралисты-любители, имевшие самые разные профессии, преподаватели и студенты университета и многие москвичи, увлеченные идеей создания сада.

При создании зоологического сада ставилось несколько целей. Во-первых, он должен был стать экспериментальной базой для научной и практической работы Общества акклиматизации. Здесь планировалось проводить выставки ценных пород сельскохозяйственных животных для ознакомления с ними российских фермеров, получать гибриды между местными и лучшими мировыми породами животных, использующихся в хозяйстве, разводить самых разных животных — от пиявок до крупного рогатого скота. И, во-вторых, сад должен был стать первым в России просветительским центром, содержащим коллекцию животных для ознакомления с нею столичной публики, интересующейся природой, или, как говорили создатели сада, — «распространять в ней полезные сведения». И, конечно, планировалось использовать живую коллекцию в качестве «учебного пособия для наглядного изучения животных при преподавании зоологии в университете и средних учебных заведениях». Следует отметить, что в течение непродолжительного времени роль сада как просветительского учреждения вышла на первый план, — более того, он обрел немалое культурологическое значение. Видимо, в Москве не было человека, не посетившего зоосад хотя бы один раз, да и приезжие с удовольствием приходили сюда посмотреть на слонов, львов и медведей. О зоологическом саде того времени можно прочитать не только в научных трудах, но и в художественной литературе.

На момент открытия зоосада в нем числилось около 300 диких и домашних животных (сейчас в коллекции зоопарка насчитывается более 7,5 тысячи экземпляров около тысячи видов и подвидов животных).

Создание и поддержание зоологического сада оказалось делом очень хлопотным и дорогим. К счастью, меценаты из самых разных слоев российского общества не оставляли сад своим вниманием, и именно благодаря частным пожертвованиям он смог выстоять, хотя не раз находился на грани закрытия. Саду жертвовали деньги, постройки, животных, землю. Например, в самые первые годы существования сада любительница домашней птицы М.П. Гучкова подарила великолепные птичники — летний и зимний, — и постройки, и птиц. Государь император Александр II «пожаловал» слона. Командир фрегата «Светлана», совершавшего кругосветное плавание, И.И. Бутаков доставил коллекцию животных из Австралии. Архитектор сада П.С. Кампиони привез из Франции большую группу животных, подаренных Парижским акклиматизационным садом. Витебский генерал-губернатор поручил начальникам подведомственных ему губерний распорядиться о поимке зубров, лосей, росомах, рысей, бобров, выдр. Настоятель Валаамского монастыря, член Общества акклиматизации отец Дамаскин предложил саду ладожских нерп и северных оленей. На деньги жертвователей был куплен большой передвижной зверинец В. Зама.

Чуть позже, в 1880-е годы, зоологический сад сильно обновился. Жертвователями было построено много удобных и красивых павильонов, значительная часть которых прослужила до реконструкции 1990-х годов; члены Общества акклиматизации устраивали на свои средства экспедиции за животными, безвозмездно участвовали в управлении садом. Это были Д.Н. Анучин, В.В. Попов, А.Н. Маклаков, А.С. Баташев, А.Е. Челюканов, В.А. Мичинер, В.К. Феррейн, С.В. Спиридонов, Ф.Ф. Кнауф, В.Н. Дедюхин, А.П. Богданов, В.А. Погоржельский и многие другие, в том числе и члены императорской фамилии.

В настоящее время традиция возрождается, и с каждым годом становится все больше благотворителей, участвующих в программе «Возьми опеку над животным». В ней участвуют не только различные фирмы и банки, но и частные лица.

В 1919 году специальным декретом зоосад был национализирован и передан в ведение Наркомпроса,а затем, в 1923 году — московских властей.

В 1924–1928 годах Московским зоосадом управлял М.М. Завадовский, известный биолог, который сыграл в жизни сада огромную роль. В эти годы зоосаду была выделена и освоена Новая территория, где осуществился новый принцип экспонирования животных — в больших вольерах за рвами. Был построен «Остров зверей», «Полярный мир», «Турья горка», а зоосад стал называться зоопарком.

Коллекция начала быстро пополняться — прибыли слон, тигры, львы и другие крупные кошки, зебры, бегемоты, бантенги, орангутаны, большое количество птиц.

Оживилась и научная работа. Первая научная биологическая лаборатория была устроена при зоосаде еще в 1878 году. Заведовал ею ассистент зоомузея Московского университета А.А. Тихомиров. При ней был создан отдел аквариумов и террариумов, фактически давший начало будущим отделам зоопарка — герпетологии, ихтиологии, беспозвоночных животных и морских рыб. Со временем в лаборатории накопился богатейший материал, очень пригодившийся в работе ветеринарной лаборатории, организованной под руководством Н.Ю. Зографа в 1909 году, ими же пользовались на практических занятиях студенты университета. Впрочем, научная работа сада всегда была органично включена в жизнь биологической Москвы. Работа Московского университета, зоологического сада, зоомузея, Дарвиновского музея, всех ученых обществ, связанных с биологией и сельским хозяйством, и даже любительских зоологических организаций была тесно взаимосвязана. Можно сказать, что это был единый мир, со своим сложным переплетением исследований, коллекций, мнений, изданий, заседаний, экспедиций, взаимоотношений.

На базе коллекции зоопарка проводили научные исследования Н.М. Кулагин, Г.А. Кожевников, В.А. Вагнер, Д.М. Россинский, А.Ф. Котс, М.М. Завадовский, Н.А. Ильин, П.А. Мантейфель, Н.И. Калабухов и многие другие. А организованный в 1924 году Кружок юных биологов зоопарка — знаменитый КЮБЗ — дал нашей стране несколько поколений известнейших биологов, натуралистов, художников-анималистов. КЮБЗовцами были А.П. Кузякин, С.К. Клумов, А.М. Чельцов-Бебутов, Н.Н. Воронцов, А.Н. Яблоков и многие другие. Руководил кружком П.А. Мантейфель, в его создании принимал участие П.П. Смолин.

Поступательное развитие зоопарка было прервано из-за начавшейся Великой Отечественной войны. Очень многих животных пришлось эвакуировать. Однако зоопарк для посетителей не закрывался ни на один день. Основную массу посетителей составляли дети, военные, уходившие на фронт, и пациенты госпиталей.

Работники зоопарка бесстрашно защищали животных, гасили зажигательные бомбы, дежурили в зоопарке дни и ночи. Однажды во время налета на Москву на территорию зоопарка было сброшено более 500 зажигательных бомб и более 10 фугасных.

В 1950–1970-е годы зоопарком руководил вернувшийся с Великой Отечественной войны бывший юннат и работник Московского зоопарка Игорь Петрович Сосновский, которого знают по его многочисленным статьям и книгам о животных и зоопарке. Его талант популяризатора привлекал к зоопарку и школьных учителей, приводивших сюда детей на экскурсии, и просто широкую публику. Бывали дни, когда зоопарк посещали до 30 тысяч человек, а за год проводилось до 10 тысяч экскурсий! Просветительская работа продолжает оставаться одной из важнейших для зоопарка. Все экскурсии в зоопарке традиционно бесплатны.

В конце 1980-х годов в зоопарке началась долгожданная реконструкция, которая стала возможной благодаря инициативе Правительства города и Законодательного собрания Москвы. Зоопарк приобрел свой современный облик.

Для успешной реализации программ по сохранению и разведению редких видов животных в Подмосковье создан специальный питомник.

Работа последних десятилетий позволила Московскому зоопарку войти в первую десятку лучших зоопарков Европы и стать членом Европейской (EAZA) и Всемирной (WAZA) ассоциаций зоопарков и аквариумов.

Зоопарки мира давно работают по единому плану, отраженному в «Природоохранной стратегии Всемирного общества зоопарков и аквариумов — WZACS» по обеспечению будущего для диких животных планеты. Задача сохранения и размножения редких видов животных в настоящее время является, пожалуй, одной из самых актуальных для всех зоопарков планеты.

В 2009 году Московскому зоологическому парку исполняется 145 лет, и к этой дате будет приурочено открытие исторической экспозиции, создающейся в старинном здании бывшей дирекции парка. Возможно, у читателей журнала «Наше наследие» хранятся старые фотографии, афиши, билеты, путеводители  или другие материалы, которые могут дополнить наш небольшой музей, — будем всем благодарны за сотрудничество.